地下河口(STEs)是重要的生物地球化學反應(yīng)器，接收和處理來自陸地、海洋和地下水等各種來源的營養(yǎng)物質(zhì)和有機物。STE在調(diào)節(jié)營養(yǎng)物、有機物和其他重要生物化合物的陸海通量方面發(fā)揮著重要作用。地下生態(tài)系統(tǒng)為微生物群落提供了多種多樣的棲息地，地球上大約40%的原核生物生物量隱藏在地表以下。沿海生態(tài)系統(tǒng)中的原核生物群落可能是復(fù)雜的，主要由不可培養(yǎng)的譜系組成，使得基于實驗室的研究具有挑戰(zhàn)性。

為了更好地了解陸地地下水涌入以及海洋鹽水入侵對地下氮循環(huán)微生物群落的影響，需要微生物生態(tài)學和水文地質(zhì)學相結(jié)合的方法。氫氣(H₂)、醋酸鹽、二氧化碳(CO₂)和其他碳化合物(如一氧化碳、甲酸鹽、甲醇、甲胺)可以被產(chǎn)甲烷的古細菌轉(zhuǎn)化為CH₄。在這一過程中，DOC通過水解、產(chǎn)酸和產(chǎn)丙酮被分解，以促進產(chǎn)甲烷。產(chǎn)甲烷古菌群落因此可以棲息在*特的生態(tài)位，由于高度適應(yīng)熱力學能量守恒。在多種環(huán)境中，變形細菌的甲烷氧化菌可以代謝多余的甲烷作為其*一的能量來源。厭氧甲烷營養(yǎng)古生菌與產(chǎn)甲烷古生菌關(guān)系密切，可在海岸帶深層富甲烷缺氧沉積物中代謝CH₄。因此，CH₄的地下氧化可以成為沿海環(huán)境中強效溫室氣體的重要匯。

16S rRNA是一種細菌和古細菌*有的核糖體RNA，通常用于研究微生物群落結(jié)構(gòu)和多樣性。通過對16S rRNA基因序列進行擴增和測序，可以了解不同微生物的遺傳差異，從而對微生物進行分類和鑒定。這項技術(shù)被廣泛應(yīng)用于環(huán)境微生物學和生態(tài)學研究中，有助于揭示微生物在不同生態(tài)系統(tǒng)中的功能和相互作用。

在這項研究中，應(yīng)用16S rRNA擴增子測序和配對的生物地球化學特征來空間評估STE中轉(zhuǎn)化溫室氣體和營養(yǎng)物質(zhì)的微生物群落。結(jié)果表明，產(chǎn)甲烷菌在陸地端最為普遍(相對豐度高達2.81%)，孔隙水甲烷、二氧化碳和溶解有機碳濃度分別為0.41±0.02 μM、273.31±6.05 μM和0.51±0.02 mM。較低的銨態(tài)氮濃度對應(yīng)著混合帶豐富的硝化和氨氧化原核生物(相對豐度高達11.65%)。甲烷、銨和溶解有機碳濃度從陸地到15 m樣帶的海洋端均下降了50%。這項研究強調(diào)了STE隱藏的微生物群落分區(qū)，以及考慮微生物轉(zhuǎn)化減輕營養(yǎng)和溫室氣體通量到沿海生態(tài)系統(tǒng)的重要性。